Le 16 avril 2001, l’église Saint-Germain est détruite par un incendie criminel, ce qui oblige la commune à la restaurer complètement. Ces importants travaux permettent aux archéologues de mener une nouvelle campagne de fouilles préventives, se concentrant sur l’église même. L’intervention durera environ deux ans, entre 2002 et 2004. Elle permet de redégager et de compléter le plan des vestiges des thermes privés de la villa romaine sur lesquels a été érigée l’église.
Malgré tous les chantiers archéologiques des 20e et 21e siècles, la villa n’a pu être que partiellement fouillée. Tout le reste a été détruit au fil du temps, dès le Moyen Âge et jusqu’à nos jours.