La découverte de tombes du haut Moyen âge recoupant les murs déjà ruinés des deux hémicycles confirme qu’ils étaient abandonnés depuis un certain temps – ce qui n’empêche pas que d’autres secteurs de la villa, les thermes en particulier, aient continué d’être occupés.
Deux des sépultures post-romaines implantées sur les ruines de l’hémicycle. Les Musées de Pully et la Société Suisse de Préhistoire et d’Archéologie, La villa romaine de Pully et ses peintures murales, Pully, 2001, p. 32.Plan des tombes du haut Moyen Âge établies dans les constructions de la première église funéraire. MAY CASTELLA (C.) (dir.), La villa romaine du Prieuré à Pully et ses peintures murales. Fouilles de 1971-1976 et 2002-2004, Cahiers d’archéologie romande, Lausanne, 2013, p. 341, fig. 399.
Neuf tombes en coffrage datées de cette période ont été identifiées dans l’ancien secteur thermal, dans les pièces absidiales. Une memoria, à savoir une chapelle funéraire aménagée autour d’une tombe privilégiée, est établie dans l’abside sud, qu’occupait anciennement le bassin du caldarium (C11 ci-dessus). Une possible seconde memoria existait peut-être dans l’abside (C24), au-dessus d’une autre sépulture privilégiée. Il est cependant impossible de dire si les deux chapelles ont fonctionné de façon simultanée.
Le reste de la population était enterré dans la nécropole des Désertes, environ 200 mètres au sud-ouest de la colline du Prieuré.
