Vers la fin de l’Antiquité, la villa est peu à peu abandonnée, comme l’atteste le peu de mobilier retrouvé, montrant qu’il ne s’agit pas d’un départ précipité de ses habitants. C’est le cas du second hémicycle qui est ravagé par un incendie au début du 4e siècle. Malgré cette détérioration, la villa continue d’être habitée occasionnellement, comme l’atteste le mobilier retrouvé en fouille.
Plusieurs autres villae du Plateau suisse, notamment celle d’Orbe-Boscéaz, présentent les mêmes caractéristiques, à savoir : un abandon de la villa vers la fin du 3e siècle suivi d’une réoccupation partielle de la demeure jusque à la fin de l’Antiquité. Ces différents abandons reflètent un climat d’instabilité à l’échelle régionale qui découle de toute une série de facteurs.