Soldat pulliéran, en 1798
« Me voilà enrôlé dans l’armée helvétique… Heureusement que la solde n’est pas trop mauvaise ! Napoléon ne s’est pas contenté de venir conquérir notre beau Pays de Vaud, il a fallu qu’il nous fasse combattre pour lui ! En plus, ils ont transformé le Prieuré en « maison nationale », pour loger les troupes. Tous ces soldats à Pully, ça fait drôle quand même… J’espère qu’on ne m’enverra pas traverser les Alpes pour combattre en Italie, ou pire, sur un océan lointain. C’est que j’ai le mal de mer, moi… »
Louis Dominique représente les milliers d’hommes incorporés dans les armées de Napoléon en 1798, année durant laquelle est créée la République helvétique. Bien que décidée par une puissance étrangère, la France en l’occurrence, elle donne aux Helvètes le statut de citoyen et leur garantit certains droits, comme la liberté de culte, de presse et de commerce.
De nombreux Suisses sont enrôlés dans l’armée entre 1798 et 1799, au sein de six demi-brigades helvétiques, destinées à accueillir 18’000 hommes. Ils ne seront finalement que 11’265, dont 1’655 Vaudois. Ces derniers sont proportionnellement plus nombreux que les citoyens d’autres cantons, peut-être car Vaud avait davantage adhéré à la Révolution, étant auparavant sous domination bernoise. Les demi-brigades, bien que composées de citoyens helvétiques, ne prendront pas seulement part à des batailles dans la région, mais seront envoyées à l’étranger, comme la 3e demi-brigade, en expédition à St-Domingue. Peu de soldats en reviendront sains et saufs…
En cette même année 1798, à Pully, on transforme les bâtiments du Prieuré, confisqués aux anciens maîtres bernois qui l’utilisaient comme une cave, en « maison nationale ». Le bâtiment doit alors permettre d’héberger les soldats des armées napoléoniennes. Le Prieuré devient alors une auberge, d’abord sans taverne, où les troupes logent en attendant de reprendre la route, comme en 1800, pour aller combattre à Marengo, en Italie.
En 1803, La République helvétique, dont la brève histoire fut tumultueuse, connaît déjà sa fin. L’Acte de Médiation, imposé par Napoléon, fait de la Suisse une confédération de 19 cantons, dont Vaud, et la dote d’une constitution. Les soldats suisses passent alors officiellement au service de la France, au sein de régiments suisses, créés dès 1805. Après 1803, bien des Vaudois continueront de se battre dans les armées de Napoléon, comme Louis Dominique, fusilier de Pully envoyé en Guadeloupe, où il décédera le 22 vendémiaire an 14 (14 octobre 1805). Beaucoup préfèrent toutefois déserter plutôt qu’intégrer les armées françaises.
À Pully, la commune profite des changements de 1803 pour racheter le Prieuré, où elle installe l’école, mais aussi des écuries. Dès 1805, et jusqu’en 1843, on a également connaissance de l’activité d’un boucher dans les bâtiments du Prieuré. En 1812, des habitants se plaignent du fait que les soirées dansantes corrompaient les mœurs de la jeunesse, ce qui indique certainement qu’un « cabaret » (une taverne) avait également pris place dans le Prieuré.
C’est autour de 1838 que plusieurs salles sont affectées officiellement et durablement aux séances de Municipalité et de Justice. En 1843, le bâtiment prend une forme architecturale proche de celle qu’il affiche aujourd’hui. Plus tard, au début du 20e siècle, on installe l’électricité, la cave communale s’y établit, puis on rend un aspect plus médiéval aux façades, telles qu’elles apparaissent de nos jours.